Die nachfolgende Waldartenliste der Flechten Deutschlands umfasst 1.002 Taxa und damit 51 % der bundesweit nach WIRTH et al. (2010) vorkommenden Flechtensippen. Die Benennung richtet sich grundsätzlich nach SCHOLZ (2000), mit Ausnahme folgender Taxa, bei denen die Nomenklatur WIRTH et al. (2010) folgt: Agonimia opuntiella (Buschardt & Poelt) Vĕzda, Arthopyrenia carneobrunneola Coppins, Bacidia carneoglauca (Nyl.) A. L. Smith, Bacidina brandii (Coppins & van den Boom) M. Hauck & V. Wirth, Biatora ligni-mollis T. Sprib. & Printzen, Bryoria furcellata (Fr.) Brodo & D. Hawksw., Bryoria simplicior (Vain.) Brodo & D. Hawksw., Fellhanera ochracea Sparrius & Aptroot, Gyalidea diaphana (Körber ex Nyl.) Vĕzda, Heterodermia japonica (M. Satô) Swinscow & Krog, Hypotrachyna afrorevoluta (Krog & Swinscow) Krog & Swinscow, Lecania croatica (Zahlbr.) Kotlov, Lecanora filamentosa (Stirt.) Elix & Palice, Lecanora ramulicola (H. Magn.) Printzen & P. F. May, Lecanora thysanophora R. C. Harris, Lecidea grisella Flörke, Lepraria bergensis Tønsberg, Lepraria crassissima (Hue) Lettau, Lepraria obtusata Tønsberg, Menegazzia subsimilis (H. Magn.) R. Sant., Micarea micrococca (Körb.) Gams ex Coppins, Micarea viridileprosa Coppins & van den Boom, Myochroidea porphyrospoda (Anzi) Printzen, T. Sprib. & Tønsberg, Parmelia ernstiae Feuerer & A. Thell, Parmelia serrana A. Crespo, M. C. Molina & D. Hawksw., Peltigera monticola Vitik., Ramonia interjecta Coppins, Thelenella pertusariella (Nyl.) Vain., Thelocarpon saxicola (Zahlbr.) H. Magn., Trapeliopsis glaucolepidea (Nyl.) Gotth. Schneid., Usnea silesiaca Motyka, Vezdaea stipitata Poelt & Döbbeler, Xanthoparmelia protomatrae (Gyeln.) Hale und Zahlbrucknerella calcarea (Herre) Herre. Taxonomischer Bezug für Bacidia adastra ist SPARRIUS & APTROOT (2003). Die methodischen Grundlagen sind ausführlich bei SCHMIDT et al. (2011) dargestellt.